幼い頃に出会った魔法使いに憧れ、レットラン魔法学校
《魔法使い》養成専門クラス、
通称「マ組」をめざすクルミ＝ミライ。
模試では常に成績トップだったが、入学試験の結果は不選抜。
「普通科一組」に進むことになる。人生初にして最大の挫折。
しかし、一組の担任として現れたのは、
《国家魔法師》ミナミ=スズキだった！

「私が担任になったっていうことは！
――皆さんには《魔法使い》になってもらいま～す！」
そんな宣言で始まった一組の新学期。クラスメイトたちがそれぞれ目標を
持っていることを知り、クルミは魔法使い以外の
夢が思いつかないと悩む。
やがてミナミによる魔法授業が始まる。それは魔法手帳を使わない、
「手描きの魔法陣」による魔法らしいのだが……

部活紹介が行われ、さまざまな部活・同好会に勧誘される
一組の生徒たち。
魔術研究部に入部しようと意気込むクルミだったが、
マ組の生徒以外は入部できないとすげなく断られる。
そこに声を掛けてきたのが、図書館の片隅で活動する
マジック研究会の部長と副部長。
二人は、
秘密裏に学園の謎に関する調査を進めていた。

マジ研の活動で「レットラン七不思議」とその原因となる
自然エネルギー「魔素」について
知らされるクルミ。
ミナミが教える手描きの魔法陣が《古代魔法》だということがわかり、
ますます魔法への興味がつのる。
課外授業の芋煮会で自然エネルギーを使おうと、
昔おばあちゃんに教わったおまじないを試す。
と、ブホンと魔法陣が光って――

ミナミが去ったレットランで、三大行事のひとつ・
クラス対抗強歩大会が開催される。
優勝争いに燃える一年マ組・二年マ組を横目に、マイペースを崩さない一組の生徒たちだったが、
アスカの覚醒を機に本気を見せる。
一位の座を巡って激しいレースが展開するなか、
「レットラン七不思議」のひとつが襲いかかる。

初めて《魔法使い》に対する互いの気持ちを打ち明け合い、
少し打ち解けたクルミとユズ。
期末テストが終わり、お楽しみパーティーに興じる一組の
メンバーに、
マ組を「クラス落ち」したアニクが合流する。
それぞれに帰省の途につく生徒たちだったが、クルミ・ユズ・アスカ・キョウ・アニクだけは
寮に残り、冬休みを一緒に
過ごすことになる。

冬休み中、魔素パトの途中で《黒きモヤ》に襲われるマジ研のメンバーたち。
とっさにユズが描いた魔法陣により
古代魔法が発動し、ピンチを切り抜ける。
自分の力に驚く
ユズと、なにもできなかったことで思い悩むクルミ。
そうして迎えた大晦日、カウントダウンパーティーの途中で、ふたたびモヤが暴走を始める。

年が明け、魔法使いの夢はきっぱり諦めることにしたクルミ。
新学期を目前に生徒たちが帰省から戻ってくるはずが、
大寒波による大雪で学園は陸の孤島になってしまう。
冬休みの延長をいいことに、湖畔にテントサウナを作って
遊ぶマジ研のメンバーたち。
そのとき、突然凍った湖が地響きとともに裂け――

ノーザンからマ組編入試験の受験を勧められたクルミとユズ。
ミナミが戻らないなか、
一組で古代魔法の勉強を続けるのか、
マ組への編入に挑戦するか、
二人の気持ちは揺れる。
一方、学園は三大行事のひとつ・レットランフェスティバルの開催にむけて盛り上がっていく。

過去の因縁からミナミを監禁し、レットランの地下で
なにかを企むノーザン。
マ組編入試験の一日目に手応えを感じたクルミとユズは、
気合を入れて二日目に臨もうとするが、
フェスの準備中にサリィが倒れてしまう。
あわててサリィを介抱する
二人だったが、異変は学園中に及んでいて……

ミナミによって語られた学園の秘密。それは、増大する
現代魔法のエネルギー量を支えるため、
普通科の生徒たちが犠牲になっているというものだった。
暴走した魔素の管理装置はもはやノーザンにも止めることが
できず、学園を守る手段は
古代魔法しかない。
クルミ・ユズ・部長は、レットラン七不思議の
最後のひとつを手掛かりに、魔素の封印を解こうと奔走する。